笔者认为，以上理由并不能说明合伙企业对个人合伙人的经营所得个人所得税负有代扣代缴义务。具体而言：
第一，经营所得是《个人所得税法》唯一无扣缴义务人的应税所得。
《个人所得税法》构建了个人所得税的分类征收体系。该法第二条共列举九项应税所得，其中第（五）项为“经营所得”。从该法的体系结构观之，经营所得在立法上被明确排除于代扣代缴制度之外。
《个人所得税法》第九条规定：“个人所得税以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”该条为个人所得税扣缴制度的一般原则性规定，但该法同时认可存在“没有扣缴义务人”的例外情形，即并非所有应税所得项目均设有法定的扣缴义务人。例如，第十条第一款第（二）项规定：“取得应税所得没有扣缴义务人”；第十三条第一款亦规定：“纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的……”。
更为关键的区分体现在该法对各类所得申报方式的具体规定中。
《个人所得税法》第十二条第二款规定，对“利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得”，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款（第十一条第三款也采用类似表述，只是这类收入对于合伙型私募基金而言较为少见，故不再展开）。然而，该法十二条第一款对经营所得，却作出了截然不同的规定：“纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。”该款未提及“扣缴义务人”或“代扣代缴”，而是将申报缴税的义务主体明确界定为“纳税人”本人。
所以，从《个人所得税法》的上下文关系可见，在全部九项应税所得中，经营所得是唯一一项未设定扣缴义务人的所得项目，其税款缴纳采自行申报制。
第二，征收规则已经从“申报缴纳”调整为“自行申报”。
《财税91号文》第二十条第一款曾规定：“投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税。”该条曾被部分观点误读为合伙企业负有代扣代缴义务的依据。
然而，该规定已被后续制定的新规范性文件所替代。2018年，国家税务总局发布《关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第62号；以下简称“《国税62号文》”），该公告第二条规定：“个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人、承包承租经营者个人以及其他从事生产、经营活动的个人取得经营所得，包括以下情形：……纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或季度终了后15日内，向经营管理所在地主管税务机关办理预缴纳税申报，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（A表）》。在取得所得的次年3月31日前，向经营管理所在地主管税务机关办理汇算清缴，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》。”
该规定将经营所得的申报主体明确界定为“纳税人”——即合伙企业个人合伙人本人，未再设置任何形式的扣缴义务人。相较于2000年的《财税91号文》，2018年的《国税62号文》属于就同一事项由同一行政机关制定的新的一般规定，其适用优先级高于前者。此外，《国税62号文》第三条针对“取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的纳税申报”情形作出了规定，该条列举了其他各项个人应税项目，唯独未提及经营所得，进一步印证了经营所得不存在扣缴义务人的结论。
至于援引《证券投资基金法》第八条来论证管理人的代扣代缴义务，则是对该条规定的错解。《证券投资基金法》第八条的目的是申明“基金财产在法律上独立于基金管理人和托管人的固有财产”，避免“对基金和基金份额持有人重复征税”，其指向也是基金财产，而基金投资者个人纳税义务的问题，并没有排除税法规则适用。《个人所得税法》对合伙企业的规定，不区分“投资基金”与“一般合伙企业”，统一适用于所有类型的合伙企业。无论是从事股权投资、咨询服务还是其他经营活动的合伙企业，其自然人合伙人的经营所得个税处理规则完全相同。
不仅如此，国家税务总局稽查局于2018年发布的《关于2018年股权转让检查工作的指导意见》（税总稽便函〔2018〕88号）对该问题作出了更为直接且明确的规定。该文件在“一、关于个人所得税”之“（二）关于合伙企业个人合伙人征收方式的意见”中直接释明：“合伙企业的个人合伙人的税收征收管理适用自行申报的征收方式，不适用代扣代缴的征收方式。”
第三，在实务层面存在较大的差异，这些差异可以用于判断上述问题。
实务中，针对不同类型的所得，《完税凭证》也是不同的。同样为个人所得税的《完税凭证》，“其他利息、股息、红利所得”品目记载的纳税人为合伙企业，而“经营所得”品目的纳税人记载的是个人合伙人自身。
并且，《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称“《税收征管法》”）第六十二条及第六十九条分别规定了纳税人未申报与扣缴义务人未履行扣缴义务的行政责任。其中，第六十九条明确规定：“扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。”
在税收征管实践中，如合伙企业确为经营所得个人所得税的法定扣缴义务人，且存在申报数据差异导致税款滞纳的情形，税务机关理应对其追究相应的行政责任。然而，在大量类处罚案例中，税务机关仅对个人合伙人追征税款及滞纳金，从未对合伙企业或其普通合伙人作出行政处罚或认定其承担行政责任。该事实从侧面印证了税务机关对该问题的认定立场，即合伙企业并非经营所得个人所得税的法定扣缴义务人。
第四，“代为申报”与“代扣代缴”的性质不同。
在税收实务操作中，存在一种常见做法：合伙企业通过自然人电子税务局（扣缴端）帮助个人合伙人代办经营所得申报。此种操作常被误认为属于“代扣代缴”，但二者在法律性质上存在根本差异。
实务中，经营所得个人所得税的申报方式主要有三种：其一，合伙企业通过自然人电子税务局（扣缴端），帮助个人合伙人代办经营所得申报，由个人合伙人自行缴款；其二，个人合伙人通过自然人电子税务局（WEB端）自行申报、自行缴款；其三，个人合伙人或其办税人员前往被投资单位对应的办税服务厅进行申报。
上述第一种方式中，合伙企业所为仅系操作层面的协助行为，即“代为申报”，而非法律意义上的“代扣代缴”。“代扣代缴”是指扣缴义务人依法负有从支付款项中扣留税款并向税务机关缴纳的法定职责，其违反该义务需承担《税收征管法》第六十九条规定的行政责任，包括应扣未扣税款百分之五十以上三倍以下的罚款等。而“代为申报”不改变纳税人的主体地位，亦不转移申报纳税的法律责任，个人合伙人仍可通过自然人电子税务局（WEB端）自行登录、核对、修改申报数据，并对申报结果的准确性承担最终责任。